make_contours — Interactive Demo

% make_contours configuration struct (Worthy et al., eLife 2024) cfg = struct(); % ── Data ───────────────────────────────────────────────────────────── cfg.segment = 'Lumbar_L4L5'; cfg.coordinate_ref = 'dorsal_CC_edge'; % (0,0) origin cfg.x_axis = 'mediolateral_um'; % positive = lateral cfg.y_axis = 'dorsoventral_um'; % positive = dorsal % ── KDE parameters ─────────────────────────────────────────────────── cfg.kde_method = 'kde2d'; % thin-plate spline KDE cfg.bandwidth = 65; % μm (isotropic) cfg.grid_n = 60; % grid points per axis % ── Contour rendering ──────────────────────────────────────────────── cfg.contour_levels = 5:10:95; % percentile levels (%) cfg.filled = true; cfg.colormap = 'viridis'; % perceptually uniform % ── Anatomy overlay ────────────────────────────────────────────────── cfg.show_outline = true; cfg.outline_color = [0.9 0.9 0.9]; % ── Figure output ──────────────────────────────────────────────────── cfg.fig_width_cm = 8; cfg.fig_dpi = 300; cfg.output_format = 'tiff';